Theo đó, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TP.HCM khi được thành lập sẽ có chức năng tham mưu và tổ chức thực hiện các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm; bệnh không lây nhiễm; phòng, chống tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sức khoẻ; quản lý sức khoẻ cộng đồng; khám phát hiện, điều trị dự phòng các dịch vụ y tế khác phù hợp với lĩnh vực chuyên môn trên địa bàn thành phố theo quy định của pháp luật.

Theo lộ trình, khi được thành lập, Trung tâm kiểm soát bệnh tật tỉnh sẽ hoạt động theo hướng dẫn của Thông tư số 26/2017/TT-BYT thay thế cho hàng loạt các Thông tư trước đây, như: Thông tư số 51/2014/TT-BYT Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm y tế dự phòng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành; Thông tư số 02/2015/TT-BYT Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm phòng, chống HIV/AIDS tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành; Thông tư số 59/2015/TT-BYT Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành; Quyết định số 14/2007/QĐ-BYT ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Quyết định số 15/2007/QĐ-BYT ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Bảo vệ sức khoẻ lao động và Môi trường tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Quyết định số 38/2006/QĐ-BYTvề việc ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Phòng, chống bệnh xã hội tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Quyết định số 37/2006/QĐ-BYT về việc ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Phòng, chống Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Quyết định số 911/1999/QĐ- BYT về quy định chức năng, nhiệm vụ và tổ chức bộ máy của trung tâm truyền thông – giáo dục sức khoẻ thuộc sở y tế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Quyết định số 02/2006/QĐ-BYT ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của trung tâm nội tiết tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.

Về trách nhiệm thi hành, Thông tư nêu rõ UBNDTP sẽ chỉ đạo Sở Y tế triển khai thực hiện kiện toàn tổ chức theo lộ trình, phù hợp với điều kiện thực tế và theo quy hoạch phát triển của hệ thống y tế Việt Nam và hoàn thiện mô hình trước ngày 1/1/2021